Au début du XIXe siècle, les arméniens se sont trouvés encore une fois, dans une zone de combats, cette fois-ci entre l'empire russe et la Perse. La guerre Russo-Persique (1826-28) se termina par le traité de Turkmantchaï entre la Perse et l'empire russe. Par ce traité, l'empire perse, connu aujourd'hui sous le nom d'Iran, perdit ses territoires septentrionaux, majoritairement peuplés d'arméniens et d'azéris.

Dans l’empire russe, le statut des communautés fut réglé par le Bologénié, règlement imposé le 11 mars 1836 par la Russie à l'« Église arméno-géorgienne dite grégorienne » comprenant 10 chapitres et 140 articles. Le Bologénié définissait le statut de l’Église Arménienne au sein de l’Empire russe. Bien que le tsar y soit proclamé autorité suprême, le règlement reconnaissait le caractère autocéphale de l’Église Arménienne et le rôle spécifique joué par celle-ci dans la réunification des arméniens du Caucase et au-delà, en l’absence de structure étatique.