St Grégoire et ses successeurs immédiats résidèrent à Etchmiadzine, Saint-Siège de l'Église Arménienne. Toutefois, du fait de problèmes politiques et économiques en Arménie, le siège de l'église fut contraint de se déplacer d’une ville à une autre. En 485, St Hovhannès Mandakouni (Catholicos de 478 à 490) l’installa à Dvin, près d’Etchmiadzine, où il demeura jusqu'au début du Xème siècle. Du Xème siècle jusqu'au milieu du XIIème siècle, il fut déplacé plusieurs fois dans diverses villes. Une de ces villes fut Ani, renommée comme ville « des mille et une églises. » qui compte plusieurs magnifiques exemples de l'architecture religieuse arménienne.

Les arabes, musulmans, envahirent l'Arménie en 640. À la fin du VIIe siècle, la politique du califat Omeyyade envers les chrétiens et la foi chrétienne se durcit. Des représentants spéciaux du calife appelés “vostigans”, furent envoyés en Arménie pour la gouverner. Ils siégèrent dans la ville de Dvin, qui avant cela, était la résidence du Catholicos arménien. La plupart des arméniens conservèrent la foi chrétienne. Plusieurs tentatives de conversion des arméniens à la foi musulmane échouèrent. Leur obstination exaspéra le calife Omeyyade Abd al-Malik, qui ordonna en 705 à l'un des vostigans de tuer tous les nakharars arméniens. Plus de 400 membres de la noblesse furent emprisonnés dans l'une des églises de la province de Nakhitchevan. Les portes furent fermées, et l'église incendiée. Les historiens arabes parlèrent de cette période comme de « l'année du grand incendie ». Le pape Jean VI déclara : « un océan de larmes inonda l'Arménie ». Un grand nombre d'insurrections échouèrent tout au long du VIIIe siècle, à la suite de ce massacre.

L'un des nombreux et célèbres théologiens de cette période difficile de l'église fut le catholicos St. Jean III d’Odzoun (Hovhannés III Odznétsi, en arménien Յովհաննէս Գ Օձնեցի). Né en 650 et mort en 728, il fut Catholicos de 717 à 728. Surnommé Imasdassèr (« le Philosophe »), il fut l'auteur de recueils de canons ecclésiastiques et de lettres chroniques, lesquelles forment un véritable code de droit canon. Ses écrits contre les erreurs, ses réformes disciplinaires et liturgiques, démontrent une profonde érudition. Les historiens arméniens le décrivent comme un esprit cultivé, savant et diplomate à la fois, et comme la figure la plus éminente de l'époque.

Le théologien suivant le plus extraordinaire de l’église fut St Grégoire de Narek (en arménien Գրիգոր Նարեկացի, 950-1010). Né dans le Vaspourakan des Ardzrouni, il passa la plus grande partie de sa vie au monastère de Narek, non loin du lac de Van, près de l'église d'Aghtamar, où il fut notamment enseignant. Moine, poète, et mystique, St Grégoire y produisit un testament littéraire remarquable. Son Livre des Lamentations, est le chef-d'œuvre de la poésie arménienne médiévale. Dans ses 95 prières, ce livre est un monument de la foi pour les âges, unique dans la littérature chrétienne pour sa riche imagerie, sa théologie subtile, son érudition biblique, et l'immédiateté de sa communication avec Dieu. Pour Naregatsi, le but ultime de l'humanité dans la vie devrait être de parvenir à atteindre Dieu et tout ce qui permettrait à la nature humaine de s'unir avec la nature divine, effaçant ainsi les différences entre Dieu et les hommes. Par conséquence, les difficultés de la vie terrestre disparaîtraient. Selon lui, l'assimilation humaine avec Dieu est possible non pas par la logique, mais par les sentiments. Les nombreux hymnes et écrits théologiques de Grégoire de Narek montrent également son génie. Son influence a marqué la littérature arménienne et se retrouve chez d'autres poètes, comme Sayat-Nova, Yéghiché Tcharents et Barouyr Sévak. Saint de l'Église arménienne et de l'Église catholique, Grégoire de Narek a été proclamé docteur de l’Église le 21 février 2015 par le pape François. Il devient ainsi le 36e docteur de l'Église catholique.