Au début du XXème siècle, le Catholicos Kévork V présenta au tsar Nicolas II, une demande de protection des arméniens de Turquie. Après ses échecs subis en Extrême-Orient en 1905, le régime tsariste entendit donner de nouveau la priorité aux Balkans et à l’adversaire ottoman et se disposa à jouer de nouveau la carte arménienne pour affaiblir son adversaire traditionnel, d’autant plus que l’alliance conclue depuis 1907 avec l’Angleterre semblait créer des conditions plus favorables à ses ambitions, au moment où l’Allemagne de Guillaume II développait rapidement son influence en Turquie. Les Russes furent encouragés à agir par le Bureau national arménien de Tiflis, par le patriarcat arménien de Constantinople et par leur allié français.

Le 8 février 1914, par un accord conclu avec la Russie, le gouvernement « Jeune Turc » dirigé par le triumvirat Enver, Djémal et Talaat Pacha, fut contraint d’accepter un projet de réforme supprimant les six vilayets orientaux qui étaient remplacés par deux provinces anatoliennes auxquelles étaient rattachées le vilayet de Trébizonde. Elles étaient placées sous l’autorité d’inspecteurs étrangers (Hoff et Westenenk, un Norvégien et un Hollandais) chargés de vérifier l’application des réformes. Ils devaient se rendre sur place en avril… quelques mois avant le déclenchement de la guerre européenne.

Au moment du premier conflit mondial, 1.783.000 arméniens furent recensés en Transcaucasie russe dont 690.000 dans le district d’Erévan où ils représentaient 60 % de la population (chiffres de 1917). Tiflis, la capitale géorgienne, comptait alors plus de 200.000 arméniens. Dans l’empire ottoman, il y avait, en 1912, 2.100.000 arméniens, dont 1.018.000 dans les six vilayets anatoliens (contre 2.660.000 et 1.630.000 en 1882).

En juillet 1914 au Congrès du parti dachnak à Erzeroum, les dirigeants du parti affirmèrent que les arméniens resteraient simplement loyaux à la Turquie en cas de guerre alors que des envoyés du Comité Union et Progrès voulaient qu’ils appellent à l’insurrection de l’Arménie russe.

Début janvier 1915, la IIIe armée turque commandée par Enver Pacha fut anéantie à Sarikamich. La défaite fut exploitée contre les arméniens.

Fin janvier 1915, soldats et gendarmes arméniens furent privés de leurs armes et réunis en bataillons de travail, employés à des corvées ou à des travaux de terrassement et de voirie. Ces groupes de quelques dizaines d’hommes furent petit à petit exécutés discrètement. Dans le même temps, tous les fonctionnaires arméniens furent congédiés et leurs passeports intérieurs retirés.

En avril 1915, les déportations commencèrent à Zeitoun et dans les régions du Taurus, loin du théâtre des opérations. Le prétexte fut la révolte des arméniens de Van contre les massacres perpétrés par le gouverneur turc. Les rebelles, sur le point d’être écrasés, furent sauvés à la mi-mai par l’arrivée des troupes russes.

L'arrestation à Constantinople des intellectuels et des notables arméniens, 650 en tout, se passa le 24 avril 1915. Ils furent emprisonnés puis déportés et assassinés au cours des mois suivants. Le Comité Union et Progrès turc justifia la rafle en dénonçant un « complot » arménien évidemment imaginaire. Dans les semaines qui suivirent, la déportation fut méthodiquement organisée dans les vilayets de Trébizonde, Erzeroum, Bitlis, Diyarbekir, Kharpout et Sivas. Les notables et les hommes jeunes, arrêtés et exécutés. Le reste de la population fut organisée en convois de femmes, d’enfants et de vieillards qui iront mourir de faim, de fatigue ou de mauvais traitements subis tout au long des « marches de la mort ». Face aux protestations des gouvernements de l’Entente qui furent rapidement informés, le gouvernement Jeune Turc prétexta de la « collaboration » des arméniens avec l’ennemi russe pour justifier sa politique. Sur les 1.200.000 arméniens des vilayets d’Anatolie orientale, 300.000 gagnèrent la Russie en profitant, notamment dans le vilayet de Van, des succès remportés par les armées du tsar en 1915. On évalua à 200.000 le nombre de femmes et d’enfants enlevés et islamisés. Pour le reste, ils ne seront que 50.000 à atteindre Alep où devaient se rejoindre les colonnes de déportés.

A la fin de juillet 1915, le gouvernement turc mit en œuvre, en Cilicie et en Arménie mineure, la deuxième phase de son programme de déportation et d’extermination. Là aussi, d’interminables colonnes furent conduites vers Hama, Homs ou Deir es Zor pour être rassemblées dans des camps de concentration. Tout fut terminé à la fin de 1915 en ce qui concerne le « transfert » des populations mais ce n’est qu’au printemps 1916 que furent consommés les derniers massacres ; c’est à ce moment là que les déportés de Deïr es Zor, furent abandonnés dans le désert, sans eau, ni nourriture pour y mourir de faim et de soif. Dans le Djebel Musa, quelques milliers d’arméniens réussiront à résister et seront récupérés par des navires de l’Entente qui les conduiront en Égypte. Le génocide ainsi perpétré entraîna la disparition d’au moins un million et demi de victimes.

En 1912-1913 le Patriarcat arménien d'Istanbul avait présenté un compte rendu des églises et des monastères d'Arménie occidentale dans l'Empire Ottoman. Plus de 2.300 furent comptabilisés, incluant les premiers monuments chrétiens des IV-Vème siècles. La plupart d'entre eux furent pillés, incendiés et détruits au cours du génocide. En 1974, l'UNESCO déclara que, après 1923, sur 913 monuments historiques arméniens existant dans l'Est de la Turquie, 464 avaient disparu complètement, 252 étaient en ruines, et 197 avaient besoin de restauration complète.

Fondée en 1611 par des familles arméniennes fuyant les révoltes Djelali. Armache devint le siège du premier prélat arménien de Baron-Ter Izmid, l’évêque Markos (1697-98). Le monastère de la Sainte Mère de Dieu fut construit au cours du XVIIème siècle et fut l’objet de rénovations au cours du XVIIIème. Au début des années 1800, les dirigeants de l'église avaient également créé une école et un référentiel de manuscrits. Le monastère de la Sainte Mère de Dieu fut incendié pendant la brève lutte entre le sultan ottoman et le corps des janissaires rebelles. Il fut reconstruit peu après.

Un séminaire, qui était l’unique séminaire arménien dans l'ouest de l'Anatolie, était situé à côté de l'abbaye. Parmi d'autres écoles secondaires, le séminaire d’Armache était considéré comme l'un des plus remarquables établissements arméniens dans l'empire ottoman. Le Patriarche de Constantinople Maghakia Ormanian et le patriarche de Jérusalem Yéghiché Tourian furent tous les deux doyens du séminaire.

Au cours du génocide des arméniens, la population arménienne d’Armache fut encerclée par les autorités ottomanes et envoyée vers les marches de la mort en Syrie. Le séminaire fut pillé de tous ses biens inestimables et le monastère de la Sainte Mère de Dieu, démoli et remplacé plus tard par une mosquée. Un grand nombre de diplômés du monastère qui "étaient devenus primats ou évêques diocésains dans les provinces de l'Arménie turque" périrent également durant les marches de la mort.