A la fin du XIVème siècle, Tamerlan, un turco-mongol fondateur de la dynastie des Timourides, conquit une grande partie de l'Asie centrale et occidentale puis envahit la Géorgie, l'Arménie et l'Anatolie centrale qu’il dévasta, massacrant une grande partie de la population de l'Arménie et asservissant plus de 60.000 personnes en Anatolie et au Caucase.

Cinquante ans plus tard, le Sultan Mehmed II, âgé de 21 ans, à la tête d’une armée ottomane, fit le siège de Constantinople, capitale de l'empire byzantin romain oriental qu’il prit au bout de sept semaines, le vendredi 6 avril 1453. La prise de Constantinople et de deux autres importants territoires byzantins peu après, marqua la fin de l’empire romain qui avait duré presque 1.500 ans. La prise de Constantinople porta gravement atteinte à la chrétienté, car les armées de l’empire ottoman purent continuer à s’avancer librement en Europe sans avoir à surveiller leurs arrières. Après cette conquête, le Sultan Mehmed II transféra la capitale de l'empire ottoman, d'Édirné à Constantinople.

Huit ans plus tard, en 1461, Mehmed II établit le patriarcat arménien de Constantinople. Le premier patriarche fut Hovaguim Ier, un arménien de Boursa que Mehmed II connaissait depuis son enfance. Les arméniens étaient déjà présents dans cette ville depuis l’époque byzantine, mais c’est après, sous l’empire ottoman, qu’ils vinrent s’installer de plus en plus nombreux dans cette ville devenue capitale impériale.

L’empire ottoman développa un système de lois qui reconnaissait les millets ou «nationalités», communautés basées sur la religion. Chaque millet étant bien sûr sujet du Sultan, mais avec un certain degré d’autonomie dans sa vie religieuse et en matière de certaines institutions sociales comme le mariage ou l’éducation. Le millet arménien était dirigé par le patriarcat. Jusqu'au XIXe siècle, les patriarches arméniens ont été, auprès de la «Sublime Porte », les chefs de leur communauté : ils représentaient celle-ci, ainsi que toutes les Églises syriaque, copte, et éthiopienne auprès du Sultan. Avec la constitution nationale édictée en 1863, l'institution devint également responsable des affaires sociales, économiques et éducatives des arméniens de l'empire ottoman.

Même après l'établissement du patriarcat arménien de Constantinople par les Ottomans, plus de quinze diocèses restèrent encore soumis à la règle de la Cilicie, à savoir : Sis, Adana, Hadjin, Payas, Peria (Alep), Marach, Zeytoun, Fernouz, Aïntab, Antioche, Mélitène, Yozgat, Gorun et Chypre.

Le système administratif se développa sous l’égide du patriarcat arménien de Constantinople avec la participation des laïcs aux activités paroissiales et à l’élection des évêques, ce qui existe encore aujourd’hui dans de nombreux endroits de la diaspora arménienne.

La Constitution nationale arménienne (en turc ottoman: "Nizâmnâme-i Millet-i Ermeniyân") approuvée par l'empire ottoman était une sorte de «Code des règlements», composé de 150 articles, qui définissait les pouvoirs du Patriarche dans le Millet ottoman. La constitution a aussi créé une nouvelle "Assemblée nationale arménienne" qui avait de larges fonctions. Les responsables musulmans, turcs, kurdes et arabes, ne collectaient pas les impôts dans les villages arméniens. Ceux-ci étaient collectés par des percepteurs arméniens nommés par l'Assemblée nationale arménienne. Les arméniens étaient autorisés à établir leurs propres tribunaux pour rendre la justice et régler les litiges entre arméniens et décider entre eux, de toutes les questions relatives au mariage, au divorce, aux successions, aux héritages, etc. Les arméniens obtinrent même le droit de créer leurs propres prisons. L’Assemblée nationale arménienne eut également le pouvoir d'élire le gouverneur arménien par un conseil législatif arménien local. Plus tard, lors de la deuxième ère constitutionnelle, les conseils participeront aux élections. Les Conseils législatifs arméniens locaux étaient composés de six arméniens élus par l'Assemblée nationale arménienne.

A la suite du génocide, la place et l’autorité du patriarcat arménien fût très réduite. Le Catholicos arménien de Sis partit pour le Liban, alors qu’il n’y avait plus de patriarche arménien officiel à Constantinople. Le patriarcat arménien fut restauré sous la république de Turquie, mais son fonctionnement fut limité en application de la politique gouvernementale sur les minorités. Avec le traité de Lausanne (1923), la Turquie moderne accepta son existence, en limitant ses fonctions au domaine strictement religieux, conformément au principe de laïcité. Le patriarcat prit alors le nom officiel de Patriarcat des Arméniens de Turquie.

La suprématie du Catholicos d’Etchmiadzine est reconnue par le clergé arménien de Turquie mais les églises arméniennes de Turquie sont sous l’autorité du patriarcat arménien d’Istanbul. Ces églises sont en majorité situées à Istanbul ou dans les alentours, avec quelques unes disséminées en province : Césarée/Kayseri, Dikranaguerd/ Diyarbékır, Dérik (Mardin), et trois autres autour d’Antioche/Hatay.

Malgré des difficultés et des tensions occasionnelles, le patriarche arménien continue à être souvent mis en avant, comme principal porte-parole du peuple arménien en Turquie, signe de la visibilité des minorités dans ce pays.